莒南县有两大水系：沭河水系居县境西、北部，流域面积892平方公里，主要支流有浔河、鸡龙河、武阳河、鲁沟河、汀水河。滨海水系位于县境东、南部，流域面积860平方公里,主要河流有龙王河、洙溪河、绣针河。境内有323条河流，其中5公里以上河流105条，境内长度1708公里。年平均水资源总量4.82亿立方米。有大型水库1座，中型水库4座，小型水库182座，水资源比较丰富。

莒南县境内矿产资源比较丰富，种类较多，但总体来说储量较小，分布零散，开发利用以建筑石材为主。县内从历史上就有采矿活动，到目前为止，共发现矿产30种，金属和非金属矿产都有产出，其中探明储量的有9种，包括金属矿产：金、铁、钛3种；非金属矿产：花岗岩、白云石大理岩、重晶石、明矾石、沸石5种；水气矿产：地下水1种。已发现但无探明储量或仅有简测资料的矿产有21种。我县矿产资源特征是：矿种较多，但资源配套程序较差，能源矿产仅有一处煤矿点，金属矿产品种较少，规模小；非金属矿产种类较多，特别是化工用矿产和建材矿产，分布广、储量大、易采选。