莒南县博物馆成立于1985年，与莒南县文物保护中心（原文物管理所）合署办公。

莒南县博物馆是莒南县唯一的综合性国有博物馆，2009年5月8日正式免费对外开放，是临沂市第一个免费开放的县级博物馆。莒南历史厚重、人文璀璨，处于东夷文化带，文化遗存丰富，自旧石器时代、新石器时代到夏商周时期延续至今，文化发展序列相对完整。莒南县博物馆以“作为为社会及其发展服务的、向公众开放的非营利性常设机构，以教育、研究、欣赏为目的，收藏、保护并向公众展示人类活动和自然环境的见证物”为宗旨，以“让文物从历史、从研究中走出来，脚踏实地地走入人民群众的心中，发挥出文物最大的价值”为使命，承担莒南县域可移动文物的收藏、保管、研究、展示、教育等职能，是收藏、研究、展示东夷文化、莒文化的重要阵地。